Nació el 6 de marzo de 1026 en Suwalki (Polonia).
Su padre fue un oficial de caballería polaco que fue asesinado al principio de la Segunda Guerra Mundial durante la masacre de Katyn. Siendo adolescente, formó parte del ejército polaco y combatió a los nazis durante la contienda. Finalizada la guerra, estudió pintura en la Escuela de Bellas Artes de Cracovia, para luego entrar en la Escuela de Cine de Lodz.
Tras realizar sus primeros cortometrajes y documentales como "Zly chlopiec" (1950), "Ceramika ilzecka" (1951) y "Kiedy ty spisz" (1952), en 1955 hizo su debut en el largometraje con el drama bélico "Pokolenie", protagonizada por el actor Zbigniew Cybulski, que interpretó a un personaje que era la alternativa polaca a los encarnados por el malogrado James Dean. Este intérprete también protagonizó sus dos siguientes films, de marcado carácter antibelicista: "Kanal" (1956) y "Cenizas y diamantes" (1958). Otros de sus trabajos de como director y guionista en esta primera etapa fueron "Lotna" (1959), "Samson" (1961), el segmento "Varsovia" del largometraje de episodios "El amor a los veinte años" (1962), "Lady Macbeth de Mtsensk" (1962) y "Popioly" (1965). Después el fallecimiento de Cybulski a consecuencia de un accidente de tren 1967, dirigió "Todo a la venta" (1968), "Las puertas del Paraíso" (1968), "Caza de moscas" (1969), "El bosque de los abedules" (1970), "Paisaje después de la batalla" (1970), "Pilatos y los demás (1971), "La boda" (1973), "La Tierra Prometida" (1974) y "La línea de sombras" (1976).
Su consagración llegó con dos títulos emblemáticos del cine polaco que lo consagraron como una figura clave: "El hombre de mármol" (que también produjo en 1977) y "El hombre de hierro" (1981). En esta última mostró su apoyo al partido político Solidaridad, de hecho, su cofundador Lech Walesa, se interpretó a sí mismo. Su vinculación a este partido, provocó que el gobierno de Polonia llegase a intentar ilegalizar su productora.
En medio de ambos films se hizo cargo de otros proyectos como "Sin anestesia" (1979), "Las señoritas de Wilko" (1979) y "El director de orquesta" (1980). En 1983 logró otro de sus títulos más recordados con el drama histórico franco-polaco "Danton", protagonizado por Gérard Depardieu. Durante el resto de la década y en los años 90 dirigió "Un amor en Alemania" (1983), "La crónica de los incidentes amorosos" (1985), "Proust contra la confiscación..." (1988), "Los poseídos" (1988), "Korczak" (1990), "El anillo del águila coronada" (1992), "Nastasja" (1994) o "Pan Tadeusz (1999). En su última etapa estuvo al frente de los telefilms "Bigda idzie!" (1999), "Wyrok na Franciszka Klosa" (2000) y "Noc czerwcowa" (2002) y "Makbet" (2010). Para sus últimos trabajos reincidió en la Segunda Guerra Mundial con "Katyn" (2007), y en la figura de Lech Walesa con "Walesa, la esperanza de un pueblo" (2010).
Entre sus galardones encontramos la Palma de Oro en el Festival de Cannes en 1981 por "El hombre de hierro", el Premio FIFRESCI en el Festival de San Sebastían de 1980 por "El director de orquesta", dos BAFTA (uno especial en 1982 y otro a la Mejor película extranjera por "Danton"), el León de Oro Honorífico en Festival de Venecia de 1998, el Oscar Honorífico en 2000 y el Oso de Oro Honorífico en el Festival de Berlín de 2006. En lo personal, estuvo casado en cuatro ocasiones: Primero con Gabriela Obremba (1949 - 1959) y Zofia Zuchowska (1959-1967), y luego con las actrices Beata Tyszkiewicz (desde 1967 y hasta 1969, y que fue madre de su único hijo) y Krystyna Zachwatowicz (desde 1974 y hasta su fallecimiento). Andrzej Vajda falleció el 9 de octubre de 2016 en Varsovia (Polonia), a la edad de 90 años.
